Идаване на протокол във връзка с доставка на стока от Австралия, пристигнала в Румъния

Имаме внос от Австралия. Стоката пристига на пристанище в Румъния и от там пътува до България. Освобождаването на митница става в Русе.
Имаме издадена фактура от румънска фирма, регистрирана по ДДС, за такси свързани с вноса и транспорт от пристанището до мястото на доставка (LCL charges, CFS charges, Terminal Hndl. Charge, Delivery Order Fee, Exchange Risk Charge, T1 Dokument, Delivery at Place). Тази фактура е включена в данъчната основа и е обложена с 20% ДДС в митническата декларация. Трябва ли да издам протокол за тази фактура, с какъв процент ДДС, къде се включва в дневниците? Приложим ли е чл. 36а от ЗДДС в този случай? Объркването ми идва от там, че имах (а и този месец отново имам) внос на гума от САЩ и услуга по разстилане на гумата също от САЩ, която беше обложена на митница. Издадох протокол с 0% ДДС и го включих в двата дневника (протокол, защото е услуга от трета страна, 0% съгласно чл. 36а от ЗДДС). При проверка НАП ме накараха да сторнирам протокола и казаха, че щом стойността на услугата е влязла в митническата декларация, не се съставя протокол и фактурата за услугата няма място в дневника. Може ли да ми разясните и този казус? 
Имаме издадена фактура от същата румънска фирма за митническо освобождаване (customs clearance). За тази фактура издавам протокол с 20% ДДС, който включвам в двата дневника, като в дневник продажби го включвам в к. 9, к. 10, к. 14 и к. 15. Правилно ли е това?